Prva znana uporaba kriptografije je uporaba posebnih hieroglifov pred približno 4000 leti v starodavnem Egiptu. Elemente kriptografije so našli že v napisih Starega in Srednjega kraljestva, popolnoma kriptografska besedila so znana že iz obdobja XVIII dinastije. Hieroglifsko pisanje, ki izhaja iz piktografije, je bilo polno ideogramov in je zaradi pomanjkanja vokalizacije omogočilo ustvarjanje fonogramov po principu ugank.
Kriptografije Egipčanov niso uporabljali za oteženo branje, ampak bolj verjetno z željo pisarjev, da bi drug drugega presegli po duhovitosti in iznajdljivosti ter tudi s pomočjo nenavadnega in skrivnostnega opozorili na njihova besedila. Eden od ilustrativnih primerov so besedila poveličevanja plemiča Khnumhotepa II (XIX. Pr. N. Št.), Ki so ga našli v dobro ohranjeni grobnici št. BH 3 na območju Beni Hasan.
Stari Egipčani so uporabljali vsaj tri šifrirne sisteme.
V starodavnih indijskih besedilih so med 64 umetnostmi poimenovali metode spreminjanja besedila, nekatere jih lahko pripišemo kriptografskim. Avtor tablice z receptom za izdelavo glazure za lončarstvo iz Mezopotamije je uporabil redke oznake, izpustil črke in zamenjal imena s številkami, da bi prikril, kaj je bilo napisano. V prihodnosti obstajajo različni napotki o uporabi kriptografije, od katerih se večina nanaša na uporabo v vojaških zadevah.
S pojavom fonetičnega pisanja je bilo pisanje takoj poenostavljeno. V starodavni semitski abecedi v II tisočletju pred našim štetjem je bilo le približno 30 znakov. Označevali so soglasnike, pa tudi nekatere samoglasniške zvoke in zloge. Poenostavitev pisanja je povzročila razvoj kriptografije in šifriranja.
Primere uporabe kriptografije najdemo v svetih judovskih knjigah, vključno s knjigo preroka Jeremije (6. stoletje pred našim štetjem), kjer je bil uporabljen preprost način šifriranja, imenovan atbash. Namesto prve črke abecede so napisali zadnjo, namesto druge - predzadnjo in tako naprej.
Ena najstarejših znanih kriptografskih naprav je skitala, znana tudi kot "šifra starodavne Sparte". Skitala (ali scitala iz grškega σκυτάλη, palica) je naprava, ki se uporablja za izvajanje šifriranja permutacije. Skitala je bila sestavljena iz valja in ozkega traku pergamenta, ovitega okrog nje v spiralo, na katerem je bilo napisano sporočilo. To napravo so izumili Špartanci in je znano, da je bila uporabljena v vojni Sparte proti Atenam konec 5. stoletja pred našim štetjem. e.