Skupina znanstvenikov je ministrstvu za izobraževanje in znanost ter ustreznemu disertacijskemu svetu poslala pritožbo zoper sklep skupnega disertacijskega sveta D 999.073.04 o podelitvi Pavlu Khondzinskemu znanstveno stopnjo kandidata teologije (po sklepu sveta), znanstvene stopnje kandidata filozofskih znanosti (glede na avtorjev izvleček). Besedilo pritožbe je objavljeno v javnosti.
Avtorji dokumenta ugotavljajo, da znanstvena stopnja, navedena v izvlečku in besedilu disertacije, ne ustreza stopnji, navedeni v dokumentih, ustvarjenih po zagovoru: seznam članov disertacijskega sveta, ki so se udeležili sestanka med zagovorom disertacije, in sklep disertacijskega sveta. 1. junija, ko je prišlo do zagovora, ni bilo nobenih regulativnih dokumentov, ki bi predlagali možnost pridobitve diplome "kandidat bogoslovja", ugotavljajo avtorji.
Poleg tega poročajo, da informacije o rezultatih javnega zagovora niso bile objavljene na internetu v desetih dneh od dneva zasedanja disertacijskega sveta, čas nastanka objavljenih dokumentov pa je bil napačno naveden. Nazadnje je bilo med delom disertacijskega sveta kršeno načelo javnosti: na sejo niso bili dovoljeni samo osebe, ki želijo sodelovati v razpravi, ampak tudi novinarji. Po mnenju pritožnikov ta dejstva kažejo na številne kršitve veljavne uredbe o Svetu za zaščito disertacije.
Dokument so podpisali Jurij Pančin (Inštitut za težave pri prenosu informacij Ruske akademije znanosti), Vladimir Alešin (Znanstvenoraziskovalni inštitut za fizikalno in kemijsko biologijo po imenu A. N. Belozersky, Moskovska državna univerza), Aleksander Kuznetsov in Dmitrij Šerbakov (Paleontološki inštitut RAS).
Disertacijski svet je 1. junija 2017 podelil Pavlu Khondzinskemu doktorat iz teologije. Od 22 svetnikov je 21 glasovalo za (ena glasovnica je bila neveljavna, ker je bila nepravilno izpolnjena). Tema disertacijskega dela je "Reševanje problemov ruske teologije 18. stoletja v sintezi svetega Filareta, moskovskega metropolita." Pozneje je odločitev sveta potrdilo Ministrstvo za izobraževanje in znanost.