Izgubljena mesta v Amazoniji so že dolgo klišeji v nizkofantastični fikciji; resni znanstveniki so na selvo gledali kot na okolje, v katerem lahko obstajajo samo primitivne človeške kulture. Antropološke študije so do zdaj potrdile to stališče: Amazonka je kraj, v katerem živijo indijska plemena, ki se nahaja na ravni kamene dobe
Vendar pa arheološki podatki nasprotujejo antropološkim podatkom: znanstvenik z univerze na Floridi (ZDA) Augusto Oyuela-Caicedo izvaja izkopavanja na severovzhodu Perua, v džungli blizu mesta Iquitos. Njegove ugotovitve potrjujejo teorijo, ki se je pred kratkim razširila v znanstvenih krogih, da je pred prihodom Evropejcev v Amazonijo obstajala razvita kultura s prebivalstvom do 20 milijonov ljudi (veliko več kot sedanji prebivalci Amazonije).
Najdemo v indijskih nasipih - lončarstvu in zemlji, predvsem v tako imenovani terra preta ("črna zemlja"), ki je mešanica lokalne zemlje s človeškimi odpadki, ogljem in pepelom. Sledi izumrle kulture so povsod v Amazoniji: terasne pretanske plasti brazilskega arheologa Eduarda Nevesa z univerze v São Paulu in njegovih ameriških kolegov najdejo blizu Manausa. Indijci so povečali produktivnost džungle ne le z gnojenjem zemlje: povsod so območja džungle z nenormalnim številom dreves, ki obrodijo užitne plodove. Po mnenju podpornikov obstoja naprednih civilizacij v Amazonski kotlini v predkolumbijski dobi so to ostanki sadovnjakov. Arheološke najdbe v Boliviji in Braziliji (v bližini reke Xingu) kažejo:že ob koncu 1. tisočletja našega štetja so prebivalci Amazonije lahko premaknili na tone zemlje, zgradili kanale in jezove, ki so spreminjali struge.
Sprememba pogledov znanstvenikov na starodavne kulture Amazonskega bazena se je začela z raziskavami Ane Roosevelt z univerze Illinois v Chicagu v osemdesetih letih prejšnjega stoletja: na največjem sladkovodnem otoku na svetu Marajo na ustju Amazonke so odkrili temelje hiš, kakovostno lončarstvo in sledi razvitega kmetijstva.
Učenci, ki zanikajo obstoj naprednih kultur v Amazoniji v preteklosti (na primer Betty Meggers iz Smithsonian Institution-a), teoretike obravnavajo kot oportuniste, ki si želijo zasloveti z nasprotovanjem klasičnim pogledom. Trdijo: če je bilo v porečju Amazonije naprednejše avtohtone kulture kot zdaj, potem se niso preveč razlikovale od sedanjih - niti glede na stopnjo razvoja niti glede na število prebivalstva.
V odgovor so pristaši razvite Amazonije citirali španskega dominikanskega meniha in kronista Gasparja de Carbajala, ki je leta 1541, ko je plul po reki Napo, pisal o "penečih belih mestih", "zelo rodovitni zemlji", "lepih cestah" in kanujih, ki so sposobni prevažati več deset vojakov … Znanstveniki trdijo, da je napredovala civilizacija umrla zaradi bolezni, ki so jih prinesli Evropejci, mesta, zgrajena iz lesa in razmeroma kompaktnih polj, pa je džungla zelo hitro in skoraj v celoti pogoltnila. (Tu se je treba spomniti, da imajo različne kulture različne sposobnosti, da puščajo sled za arheologe - odvisno od uporabljenih materialov. Če ne bi bilo nekaj čudežno ohranjenih zapiskov o zlahka razpadajočem brezovem lubju, bi bila večina starodavnih Novgorodcev veljala za nepismene.)
In še ena obtožba proti tistim, ki Amazonijo štejejo za domovino visoko razvitih kultur: s svojimi izjavami o sposobnosti regije hraniti milijone ljudi brez škode za okolje pomagajo korporacijam, ki lobirajo za aktivni razvoj regije. Eduardo Neves odgovarja tako: "humaniziramo zgodovino Amazonije."