Bakteriofagov, ki vsebujejo DNK, ne bi mogli zaznati s standardnimi metodami - zdaj pa znanstveniki verjamejo, da prevladujejo v svetovnih oceanih.
Vsaka kapljica vode, ki ni pregloboka od morske gladine, vsebuje približno 10 milijonov virusov. Ni presenetljivo, da biologi nenehno odkrivajo nove, čeprav so odkritja povsem nove skupine še vedno zelo redka. Zdi se, da standardne tehnike preprosto niso dopuščale, da bi jih opazili, čeprav se je takšnih virusov izkazalo za izjemno veliko - morda so razširjeni ne le v oceanu in so znanstveniki preprosto izmikali.
Martin Polz z Massachusetts Institute of Technology in njegovi sodelavci so pregledali vzorce vode, odvzete ob severnoameriški obali Atlantskega oceana. Iskali so viruse, ki vsebujejo dvoverižno DNK - takšni virusi so izjemno razširjeni, vključno s herpesom, in bakteriofagom T4 (Caudovirales), ki ga poznajo vsi iz šole. Znanstveniki, ki okužijo kulture morskih bakterij Vibrionaceae, so odkrili 200 različnih virusov DNK, od tega so jih 18 pripisali novemu vrstu Autolykiviridae. O tem pišejo v članku, objavljenem v reviji Nature.
Ime skupine se nanaša na junaka grške mitologije Autolycus, zvit tat, ki ga je tako težko ujeti kot te viruse. "Najpogostejši virusi na Zemlji so virusi, ki okužijo bakterije, ki vsebujejo dvojno verigo DNK," pišeta Poltz in njegovi soavtorji. „Vendar Caudovirales z repom virusi, ki prevladujejo v zbirkah podatkov in zbirkah poljščin, niso reprezentativni za njihovo prisotnost v okolju. Pravzaprav virusi brez repa prevladujejo v vzorcih vode."
Bakterijske celice, okužene z autolykiviridae / MIT Phages, Kauffman in sod., 2018.
Bakteriofagi "brez repa" Autolykiviridae se razlikujejo po svoji majhni velikosti genoma - le približno 10 tisoč baz, kar je 4-5 krat manj kot pri "rebrastih" sorodnikih. Njihova sposobnost okužbe in ubijanja bakterijskih celic je bila prav tako nenavadna. Če so navadni fagi v poskusih praviloma vplivali na eno točno določeno vrsto vibriov, so te okužile v povprečju štiri in privedle do opazno večje celične smrti. "Ugotovljeno je bilo, da so odgovorni za 40 odstotkov smrti bakterij, čeprav so predstavljale približno 10 odstotkov celotnega števila virusov v vzorcu," razlaga eden od avtorjev dela.
Vibrio bakterije različnih vrst so nameščene vzdolž oboda diagrama, krogi virusov, ki jih okužijo, so z njimi povezani: modri - "rezani" bakteriofagi, oranžni - "brez repa" Autolykiviridae / MIT, Kauffman idr., 2018.
Te številke kažejo na veliko vlogo, ki jo ima nova skupina Autolykiviridae pri urejanju populacij bakterij in v biosferi kot celoti. Znanstveniki so prepričani, da bo njihova tehnika pomagala najti viruse, ki so se prej izognili odkrivanju v tleh in morda v človeškem črevesju. Podobna genska zaporedja resnično najdemo v genomih bakterij v človeški mikroflori.
Promocijski video:
Sergej Vasilijev
