Sodobne znanosti, ki uporabljajo logiko kot orodje spoznavanja, pogosto naletijo na teoretična nasprotja ali nasprotja med posledicami teorije in verbaliziranimi rezultati izkušenj, eksperimentirajo. To je posledica logičnih napak pri gradnji sodb, nepopolnosti trenutno obstoječih znanstvenih metod ali nezadostne natančnosti instrumentov, ki se uporabljajo v poskusih, pa tudi neustreznosti sprejete idealizacije, torej napačne aksiomatizacije teorij.
Prisotnost paradoksa spodbuja nove raziskave, globlje razumevanje teorije, njenih "očitnih" postulatov in pogosto vodi do njene popolne revizije.
Paradoksi razkrivajo globoke tokove kognitivnega procesa. Izjavljajo o neposrednih težavah v znanosti, hkrati pa jo odločno potisnejo naprej in natančno tako, da vložijo nove, še bolj paradoksalne ideje.
Primeri paradoksa v znanosti so Russell-ov paradoks, Banach-Tarskijev paradoks, Garajev paradoks, Smalejev paradoks, Hausdorffov paradoks, EPR paradoks, Kozmološki paradoksi.
Paradoksi v znanosti po eni strani označujejo krizo starih znanstvenih dognanj (kar pojasnjuje negativni odnos številnih znanstvenikov do tega pojava), po drugi strani pa prispevajo k razvoju novega, to dokazuje njihovo uporabnost in celo določeno potrebo. Tu lahko vidite izbiro med mirom in razvojem. Če znanost daje prednost razvoju, bi morali znanstveniki sprejeti paradokse za samoumevne in poskušati uporabiti znanje, ki ga dajo, kljub neznanju in nasprotovanju uveljavljenim pravilom. Prav to razumevanje paradoksa naj bi bilo optimalno za razvoj znanosti v sedanjem času.