Poročilo o rezultatih genetske analize vzorcev tkiv mumij, najdenih v Peruju. To poročilo je bilo pripravljeno novembra 2018.
Izvajalci
- CEN4GEN laboratoriji (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Canada T6E 6T9) - Priprava vzorcev in zaporedje.
- ABRAXAS BIOSISTEM SAPI DE CV (Mehika) - računalniška analiza podatkov.
Po predhodni analizi kakovosti so bili odvzeti 3 vzorci iz 7 predloženih vzorcev za nadaljnjo analizo.
Vzorci za analizo
| Oznaka | izvirno ime | Pogojno ime | Slika |
| Starodavni-0002 | Vratni kost med sedežem 00-12 Victoria 4 | Viktorija | Sl. 3.117 |
| Starodavni-0003 | 1 roka 001 | Ločeno roko s 3 prsti | Slika 3.118 |
| Starodavni-0004 | Momia 5 - DNK | Viktorija | Sl. 3.117 |
Za te vzorce so bili izvedeni naslednji postopki:
Promocijski video:
- Ekstrakcija DNK.
- Preverjanje kakovosti DNK.
- Množenje DNK
- Ustvarjanje knjižnice DNK.
- Sekvenciranje DNK.
- Oblikovanje očiščenih sekvenciranih podatkov.
- Nadzor kakovosti.
- Predhodna analiza s prekrivanjem DNK odčita na človeškem genomu.
- Analiza za izolacijo kratke DNK je značilna za starodavno DNK.
- Prekrivanje DNK Ancient0003 bere na obstoječih knjižnicah človeškega genoma.
- Analiza mitohondrijev za odkrivanje variant D-zanke in drugih informativnih mest za določanje mitohondrijskih haplotipov.
- Določitev spola vzorcev Ancient0003.
- Identifikacija možnih tujih organizmov v vzorcih.
- Analiza podatkovnih baz DNK za ugotavljanje podobnosti z znanimi organizmi.
Slika 3.117. Črpanje vzorcev iz Viktorijinega vratu.
Za prepoznavanje možnih vrst organizmov, ki so prisotni v vzorcih Ancient0004 in Ancient0002 (Victoria), je bilo izvedeno skicanje genomske DNK (Ondov in sod., 2016), v katerem so bile skupine kratkih fragmentov, k-mers, primerjane z razpoložljivimi zbirkami podatkov. Uporabljena je bila programska oprema BBTools.
Preizkušeni so bili naslednji organizmi:
- Bakterije.
- Virus.
- Plazmidi.
- Fagi.
- Glivice.
- Plastid.
- Diatomi.
- Človek.
- Bos Taurus.
- H penzbergensis.
- PhaseolusVulgaris.
-
Mix2: Oznaka za naslednje genome:
- Kloroplast Lotus japonicus, popolni genom.
- Canis lupus familiis cOR9S3P vohalnih receptorjev družina 9 poddružine S psevdogen (cOR9S3P) na kromosomu 25.
- Vigna radiata mitohondrij, popolni genom.
- Kloroplast Millettia pinnata, popolni genom.
- Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, celotno zaporedje puško v genomu.
- Asinibacterium sp. OR53 oder1, celoten zaporedje puške v genomu.
- Bacillus firmus sev LK28 32, celotna sekvenca gnojnih pušk.
- Kloroplast Bupleurum falcatum, popolni genom.
- Alicycliphilus sp. B1, celotno zaporedje puško v genomu.
- Bacillus litoralis sev C44 Scaffold1, celotna zaporedje puške v genomu.
- Chryseobacterium takakiae sev DSM 26898, celotna sekvenca genske puške.
- Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
- Bacillus halosaccharovorans sev DSM 25387 Odri 3, celoten genom zaporedja puško.
- Rhodospirillales bakterija URHD0017, celotna sekvenca gnojnih pušk.
- Sev Bacillus onubensis 10J4 10J4_trimmed_contig_26, celotna zaporedje puške v genomu.
- Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, celotno zaporedje puško v genomu.
- Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, celotno zaporedje puško v genomu.
-
Vretenčarji: Oznaka za naslednje genome:
- Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
- bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
- bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
- GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
- GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
- GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
- GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
- Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
- rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
- Protozoa.
Slika 3.118. Slika in radiograf dveh drsnih rok.
Po vseh filtrih smo prejeli 27974521 branja za Ancient0002 in 304785398 branja za Ancient0004. To kaže, da 27% DNK iz vzorca Ancient0002 in 90% DNK iz vzorca Ancient0004 ni mogoče identificirati z vzorci DNK analiziranih organizmov iz razpoložljivih baz podatkov.
Naslednja faza analize je bila izvedena s pomočjo programske opreme megahit v1.1.3 (Li et al., 2016). Dobljeni so bili naslednji rezultati:
- Ancient0002: 60852 contig, skupno 50459431 bp, min 300 bp, max 24990 bp, povprečno 829 bp, N50 868 bp, 884.385 (5,39%) sestavljenih bral.
- Ancient0003: 54273 contigs, skupaj 52727201 bp, min 300 bp, max 35094 bp, povprečno 972 bp, N50 1200 bp, 20,247,568 (65,69%) sestavljenih bral.
Rezultat analize je prikazan na sliki.
Slika 3.116. Razmerje med tajnimi odčitki za 28073655 branja Ancient0002 (zgornji graf) in 25084962 Ancient0004 odčitkov (spodnji graf) v primerjavi s 34904805 bazo DNK, ki predstavlja 1109518 taksonomske skupine.
Zaključek
Kot rezultat analize smo pokazali, da vzorca Ancient0002 in Ancient0004 (Victoria) ne ustrezata človeškemu genomu, medtem ko vzorec Ancient0003 ustreza človeškemu.
Komentar Korotkov K. G
Upoštevajte, da je tristranska roka pripadala velikemu bitju, ki je po velikosti primerljiva z Marijo, dobljeni rezultat pa ustreza rezultatu Marijine DNK analize. Victoria je predstavnica "malih bitij", rezultat pa kaže, da se njihov DNK ne ujema z nobenim sodobnim zemeljskim bitjem. Seveda nimamo podatkov o starodavnih bitjih, ki so izginila v milijonih let.
Povezave
- Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., & Zody, MC (2018). taxMaps: celovita in zelo natančna taksonomska klasifikacija kratkoročno prebranih podatkov v razumnem času. Genome Research, 28 (5), 751–758.
- Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Primerjava uspešnosti treh starodavnih metod ekstrakcije DNK za sekvenciranje z visokim pretokom. Molekularni ekološki viri, 16 (2), 459–469.
- Huang, W., Li, L., Myers, JR, & Marth, GT (2012). ART: simulator branja naslednje generacije. Bioinformatika, 28 (4), 593–594.
- Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: Hiter in razširljiv sestavljalec metagenomov, ki ga poganjajo napredne metodologije in prakse skupnosti. Metode, 102, 3-11.
- Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S., & Phillippy, AM (2016). Mash: hitra ocena oddaljenosti genoma in metagenoma z uporabo MinHash-a. Genome Biology, 17 (1), 132.
- Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Karakterizacija starodavnih in sodobnih genomov z detekcijo SNP ter filogenomsko in metagenomsko analizo z uporabo PALEOMIX. Naročni protokoli, 9 (5), 1056-1082.
- Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-strežnik: Analiza podatkov sekvenciranja naslednje generacije človeške mitohondrijske DNK v oblaku. Raziskave nukleinskih kislin, 44 (W1), W64-W69.
- Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T., & Stamatakis, A. (2014). PEAR: hitra in natančna združitev ponovnega spajanja Illumina Paired-End. Bioinformatika, 30 (5), 614-620.
Gradivo, ki sta ga prispevala Konstantin Georgievič Korotkov (doktor tehničnih znanosti, profesor, Univerza za informacijske tehnologije, mehaniko in optiko) in Dmitrij Vladislavovič Galetsky (kandidat medicinskih znanosti, I. P. Pavlov, prva državna medicinska univerza Sankt Peterburga)